Instituțiile media sunt utilizate în mod regulat pentru a promova interesele de afaceri sau politice ale proprietarilor lor. Acest lucru a fost evident în reflectarea campaniei electorale pentru alegerile prezidențiale din 2016, rapoartele de monitorizare a mass-media elaborate de Centrul pentru Jurnalism Independent din Moldova (CJI) au constatat că puține instituții au acordat prioritate prezentării informațiilor de interes public.
CJI a concluzionat că acoperirea partizană, de rând cu defăimarea și dezinformarea au contribuit la crearea unui teren pentru joc neloial din partea candidaților.
Jurnaliștii continuă să-și exprime îngrijorările privind politizarea radiodifuzorului public. În altă ordine de idei, în octombrie 2016, Guvernul l-a desemnat în fruntea biroului din Moldova al Companiei de televiziune și radio MIR, un proiect de limbă rusă al Comunității Statelor Independente (CSI), pe Valeriu Reniță, care deținuse anterior funcția de purtător de cuvânt al fostului Președinte, Vladimir Voronin. Reniță l-a înlocuit pe Ion Terguță, cunoscut pentru criticile sale față de Guvern și pentru faptul că demasca influența Guvernului în mass-media.
Cenzura directă din partea Guvernului nu este ceva obișnuit. Cu toate acestea, în ianuarie 2016, operatorul național de telecomunicații, Moldtelecom, a blocat emisia câtorva canale, care reflectau protestele din fața Parlamentului. Asociațiile jurnaliștilor au exprimat o atitudine sceptică față de afirmațiile ulterioare ale Moldtelecom, precum că fusese ținta unui atac cibernetic.
Jurnaliștii care lucrează pentru instituții mass-media, proprietarii cărora intervin în conținutul știrilor, pot recurge la autocenzură pentru a-și păstra locurile de muncă.
Funcționarii împiedică uneori accesul jurnaliștilor la materialele sau evenimentele pe care încearcă să le relateze. În ianuarie 2016, câțiva jurnaliști au fost temporar încuiați într-un birou de la sediul Partidului Democrat din Moldova (PDM), iar liderii partidului au părăsit între timp clădirea pentru a nu fi luați la întrebări.
Tot în acea lună, în timpul protestelor care aveau loc în fața Parlamentului, jurnaliștilor nu li s-a permis timp de mai multe ore să iasă din sala de presă a clădirii, poliția invocând aspecte legate de securitate.
În martie, unei echipe de televiziune de la Publika TV i-a fost interzis accesul la întrunirile consiliului municipal Bălți și se pare că această interdicție a urmat după ce primarul a declarat că nu a fost de acord cu modul de reflectare a unui eveniment anterior de către acest canal. În iunie, unui jurnalist i-a fost interzisă intrarea la o întâlnire a grupării politice Demnitate și Adevăr, care avea loc într-un centru comunitar orășenesc și a fost alungat cu forța, când a încercat să intre fără permisiune. Tot în acea lună, agenții de securitate de la o instanță judecătorească din Drochia au alungat în mod similar un reporter, căruia i-a fost interzis să filmeze în incintă, însă acesta a perseverat în încercările sale de a face acest lucru.
În contextul unor evoluții mai pozitive, în urma protestelor jurnaliștilor și activiștilor, în noiembrie 2016, Consiliul Superior al Magistraturii (CSM) a anulat unele restricții privind accesul jurnaliștilor în sediul său. În aprilie, jurnaliștilor li s-a permis finalmente revenirea în sala de ședințe a Parlamentului, după ce, pe parcursul a doi ani, fuseseră trimiși majoritatea timpului într-o sală de presă echipată cu un flux video privind procedură legislativă.
În 2016, jurnaliștii au raportat frecvent cazuri, când au fost supuși hărțuirii sau au fost atacați în timpul desfășurării activității lor. Jurnaliștii care relatau despre proteste au fost agresați în mai multe rânduri de către participanți, inclusiv în timpul demonstrațiilor desfășurate în ianuarie în fața Parlamentului, când unui cameraman i-a fost jefuit echipamentul. Unii jurnaliști s-au confruntat pe parcursul anului cu hărțuire din răzbunare.
O reporteră, care a solicitat din partea Ministerului de Interne un comentariu referitor la un caz de acuzație de corupție, a fost ulterior citată la o audiere și a fost avertizată că, în caz de ne-prezentare, ar putea fi obligată să se supună ordinului sau ar putea fi amendată.